Krytyka Przedstawiciele środowiska akademickiego niejednokrotnie krytykowali jego wystąpienia, publikacje i poglądy, wskazując na ich pseudonaukowość i sprzeczność z najnowszą wiedzą medyczną, szczególnie w punktach, w których odrzucają one medycynę opartą na dowodach; sposoby leczenia zawarte w jego książkach były krytykowane przez lekarzy, m.in. prof. Krzysztofa Składowskiego oraz prof. Jana Duławę.
Zwolennicy Zięby regularnie podają przykłady cudownych uzdrowień wskutek jego terapii. Na stronie internetowej znajduje się zakładka „Pomogło”, gdzie użytkownicy anonimowo umieszczają swoje opinie i opowieści.
Sprzeciw środowiska naukowego wzbudziło też m.in. wynajęcie sal na wykłady Zięby przez niektóre uczelnie publiczne w Polsce. Zarzuca mu się m.in. brak warsztatu naukowego, skłonność do nadmiernych uproszczeń, a także powoływanie się na niewiarygodne badania.
Na temat działalności Jerzego Zięby oraz potencjalnego braku odpowiedzialności i konsekwencji za krzywdy, które może spowodować, wypowiedziała się także dr Bożena Janicka, pediatra, prezes Porozumienia Pracodawców Ochrony Zdrowia.