Po zakończeniu swojego drugiego sezonu w zespole z Ottawy, został wydraftowany przez San Jose Sharks z 9. numerem w pierwszej rundzie NHL Entry Draft 2007. W lipcu 2007 zawodnik podpisał entry-level contract z Sharks. W NHL zadebiutował 25 października 2009 w spotkaniu z Philadelphia Flyers. Pierwszego gola zdobył 5 listopada 2009, pokonując Chrisa Osgooda z Detroit Red Wings.
W sezonie 2009-10 występował w zespole Worcester Sharks z American Hockey League (AHL), filii drużyny z San Jose. Dzięki zdobytym 53 punktom w 42 spotkaniach został wybrany do AHL All-Rookie Team. W swoim pierwszym pełnym sezonie NHL 2010-11 zdobył 32 gole (drugi wśród rookie) i 56 punktów (również drugi). Otrzymał nominację do Calder Memorial Trophy, które ostatecznie zostało przyznane Jeffowi Skinnerowi.
26 sierpnia 2011 Couture przedłużył kontrakt o dwa lata za 5,75 mln dolarów. 5 lipca 2013 klub z San Jose poinformował o przedłużeniu kontraktu o 5 lat, w trakcie których zawodnik zarobił 30 mln dolarów. Na jednym z treningów w sezonie 2015-16 złamał kość strzałkową, a w drugim spotkaniu po powrocie na lodowisko po kontuzji doznał kolejnego urazu (krwawienie tętnicze w prawym udzie) i musiał przejść operację. Przez kontuzje opuścił w tym sezonie 30 spotkań.