W sezonie 1998/1999 ponownie nie uczestniczyły drużyny z Anglii (liczba drużyn w rozgrywkach zmniejszyła się do 16).
Od sezonu 1999/2000, gdy powróciły do pucharu drużyny angielskie, format rozgrywek ustalił się na dłuższy czas. Brały w nich udział 24 drużyny, po 6 angielskich i francuskich, 10 z Celtic League (Pro12), zaś zasady kwalifikacji 2 pozostałych były zmienne. W pierwszym etapie drużyny były podzielone na 6 czterozespołowych grup, w których mecze rozgrywano systemem kołowym. W fazie play-off rozpoczynającej się od ćwierćfinałów (do których awansowali zwycięzcy grup i dwie najlepsze drużyny z drugich miejsc) decydował pojedynczy mecz.
European Rugby Champions Cup Począwszy od co najmniej 2007 roku pomiędzy federacjami narodowymi a organizatorami krajowych rozgrywek ligowych – angielskiej Premiership i francuskiej Ligue Nationale de Rugby – narastał konflikt. Tamtejsze kluby podnosiły zarzuty o złą dystrybucję zysków i niesprawiedliwy system kwalifikacji. Francuskie kluby kilkakrotnie groziły opuszczeniem rozgrywek, w 2012 roku zapowiadając stworzenie wraz z Anglikami alternatywnych zawodów po sezonie 2013/2014. W efekcie negocjacji prowadzonych pomiędzy udziałowcami prowadzącej Puchar Heinekena spółki European Rugby Cup Ltd.