14 lipca 1919 ukazało się rozporządzenie ministra spraw wojskowych odnośnie do dyslokacji i reorganizacji oddziałów granicznych. 3 pułk Wojskowej Straży Granicznej przeszedł w rejon DOG Warszawa i rozlokował się na odcinku granicznym od rzeki Omulew do rzeki Ruziec. Zgodnie z tym zarządzeniem, dowództwo pułku przeniesiono z Włocławka do Ciechanowa. Jego I dywizjon przemianowany został na 2 samodzielny dywizjon Wojskowej Straży Granicznej. W zamian za to pułk otrzymał II dywizjon 1 pułku Wojskowej Straży Granicznej, który to został przemianowany na I/3 p WSG.
4 sierpnia 1919 dowódca pułku płk art. Eugeniusz Habich napisał: „Dnia dzisiejszego Sztab powierzonego mi pułku przybył do Ciechanowa i mieści się w koszarach.” W tym czasie zastępcą dowódcy pułku był płk Jan Stankiewicz, funkcję adiutanta pełnił ppor. art. Stefan Korolec. Wraz ze sztabem 3 pułku WSG w ciechanowskich koszarach zakwaterowano 5 szwadron por. Szczepańskiego, który to tak opisał ich stan: „W koszarach, gdzie umieściłem ludzi nic prócz murów i śmieci nie było. Trzeba było znowu przyłożyć starań, aby wszystko doprowadzić do należytego porządku.”