Drużyna Evian Thonon Gaillard FC wycofała się z rozgrywek, dlatego ich przeciwnicy – US Créteil-Lusitanos automatycznie zostali uznani za zwycięzców.
Druga runda Do drugiej rundy zakwalifikowało się 12 zwycięzców rundy poprzedniej (włączając klub US Créteil-Lusitanos, który w pierwszej rundzie wygrał walkowerem). Wszystkie mecze zostały rozegrane 23 sierpnia 2016 roku. Zwycięstwo w tej fazie uprawniało do gry w trzeciej rundzie rozgrywek.
Trzecia runda Do trzeciej rundy (znanej też jako 1/32 finału), zakwalifikowało się 6 zwycięzców rundy poprzedniej, a także 14 zespołów z Ligue 1, które nie brały udziału w rozgrywkach europejskich (tj. w Lidze Europy lub Lidze Mistrzów). Wszystkie mecze zostały rozegrane 25 i 26 października 2016 roku.
Czwarta runda Do czwartej rundy (znanej też jako 1/16 finału), zakwalifikowało się 10 zwycięzców rundy poprzedniej, a także 6 zespołów z Ligue 1, które brały udział w rozgrywkach europejskich (tj. w Lidze Europy lub Lidze Mistrzów). Wszystkie mecze zostały rozegrane 13 i 14 grudnia 2016 roku.
Ćwierćfinał Do ćwierćfinału turnieju zakwalifikowało się 8 drużyn, które wygrały rywalizację w rundzie poprzedniej. Wszystkie mecze zostały rozegrane 10 i 11 stycznia 2017 roku.