Pod bastionami, w skale zostały wykute pomieszczenia i połączone zostały z wcześniej istniejącą siecią tuneli – tak aby obiekt był odporny na naloty bombowe. Kompleks rozpoczął działalność w 1943 roku. Miejsce wzięło swoją nazwę od pobliskiej baterii/fortu Lascaris, która sama była nazwana na cześć wielkiego mistrza Juana de Lascaris.
Lascaris War Rooms zawierały pokoje operacyjne dla każdej służby militarnej, skąd były koordynowane działania obronne Malty, oraz inne operacje militarne na Morzu Śródziemnym. Kwatera Główna w Lascaris miała bezpośrednie połączenie ze stacjami radarowymi dokoła Wysp Maltańskich, wyposażona była w maszyny szyfrujące „”. Połączenia do nich prowadziły z Navy Plotting Room (Sala Operacji Morskich), Anti-Aircraft Guns Operations Room (Sala Operacji Przeciwlotniczych) był odpowiedzialny za powietrzną obronę wyspy.