W czasie kampanii wrześniowej 1939 zmobilizowany do taborów 18 Dywizji Piechoty. Uczestniczył w walkach pod Solcem nad Wisłą i Chełmem Lubelskim. Po agresji ZSRR na Polskę wzięty do niewoli sowieckiej w miejscowości Werba pod Włodzimierzem Wołyńskim, osadzony w więzieniu kijowskim, a potem w obozie jenieckim w Kozielsku. 11 lub 12 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 022/2 z 9 kwietnia 1940, pozycja 62 (teczka personalna 3956). 13 lub 14 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 został zidentyfikowany podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców, pod numerem 1388 – dosł. opisany jako Kosowski Jan Nikolaj. Przy jego szczątkach znaleziono książkę oficerską, legitymację nadania Krzyża Virtuti Militari oraz wstążkę tegoż krzyża.