Po przedostaniu się do Topoli Małej nawiązał kontakty z ocalałymi podoficerami 70 pp. 31 grudnia 1939 r. wraz ze starszym sierżantem Janem Holką (ps. Czarny Wojtek, Wojciechowski) uczestniczył w konspiracyjnym spotkaniu Tajnej Organizacji Wojskowej w Pleszewie. Zorganizował placówkę wywiadowczą TOW w gminie Przygodzice. Został zaprzysiężony do Związku Walki Zbrojnej 9 listopada 1940 r. przez ppor. c.w. Albina Glapę (ps. Hubert). W 1942 r. organizował „oś wywiadowczą” Okręgu Poznańskiego w kierunku Wrocławia przez Kępno i Oleśnicę. Działał też na rzecz Obwodu ZWZ Kępno i Pleszew. Był organizatorem grupy wywiadowczej działającej w Mleczarni Powiatowej w Ostrowie, gdzie był zatrudniony. W latach 1942–1943 pełnił funkcję komendanta placówki wywiadowczej AK „Aluminium” w Przygodzicach (Obwód Ostrów). W 1943 r. placówka została przekształcona w operacyjną, a Misiek podjął pracę dezynfektora w Wirtschaftsamcie w Raszkowie. Jesienią 1943 r. wziął udział w transporcie broni z Pleszewa do leśniczówki w Szczygliczce. W czasie okupacji posługiwał się kolejno trzema pseudonimami: Misiura (w TOW), Czesław (w ZWZ) i Gustaw (w AK).