Wyjątkowo ważne są figurki Red Skorba, najwcześniejsze lokalne przedstawienia figurek ludzkich oraz poprzedniczki figurek z późniejszych okresów świątyń.
Ekspozycja obejmuje rekonstrukcje grobów wykutych w skale, charakterystycznych dla okresu wczesnego neolitu na Malcie. Grobowce skalne osiągnęły swój punkt kulminacyjny w pochówkach takich, jak Hypogeum Ħal Saflieni oraz ; fotografie obu miejsc eksponowane są w muzeum.
Sale Okresu Świątyń (3800–2500 p.n.e.) thumb|150px|left|Korpulentne figurki z Ħaġar Qim na ekspozycji w muzeum W tych salach pokazane są przykłady architektury, pozostałości ludzkich oraz inne przedmioty pochodzące z okresów , Ġgantija, oraz Tarxien maltańskiej prehistorii. Świątynie, które były zbudowane w tym czasie, uznawane są za pierwsze wolno stojące budowle na świecie i umieszczone są na Liście światowego dziedzictwa UNESCO.