Odpowiedzialnym za funkcjonowanie Kościoła na terenie Polski został pastor Piotr Gąsiorowski.
Parafia w Krakowie była organizatorem mającej miejsce w dniach 24–26 marca 2006 Międzynarodowej Konferencji dla Przywódców i Liderów Kościoła Wesleyańskiego w Europie, która odbyła się w ośrodku konferencyjnym w Osieczanach. Spotkaniom przewodniczył Dyrektor Misji Europejskiej Kościoła pastor Dennis Wright, a 26 marca 2006 miało miejsce kończące konferencję nabożeństwo w dawnej polskokatolickiej kaplicy przy ul. Łagiewnickiej 54.
W 2007 parafia w Krakowie skupiała około 20 osób. Zostały wówczas rozpoczęte działania w celu rozwoju Kościoła.
Na Konferencji Międzynarodowej w 2008 pastor Gąsiorowski został mianowany superintendentem, reprezentując od tego czasu polską gałąź Kościoła w Międzynarodowej Radzie Kościoła Wesleyańskiego.
24 stycznia 2017 Ewangeliczny Kościół Metodystyczny w RP został wpisany do rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych prowadzonego przez Ministra Administracji i Spraw Wewnętrznych pod pozycją 185.
Doktryna i praktyki religijne Ewangeliczny Kościół Metodystyczny w Rzeczypospolitej Polskiej pozostaje częścią międzynarodowego Kościoła Wesleyańskiego i wyznaje jego zasady oraz artykuły wiary.