19 lipca 2019 roku włoskie media poinformowały, że Binotto zrezygnował ze stanowiska dyrektora technicznego w zespole Scuderia Ferrari, oddelegowując swoje dotychczasowe stanowisko na trzy różne osoby w zespole, ale zachował stanowisko szefa zespołu.
W sezonie 2022 Ferrari miało szansę na walkę o mistrzostwo dysponując dobrze skonstruowanym, konkurencyjnym bolidem, który pozwolił na walkę o zwycięstwa Charlesowi Leclercowi. Jednak zespół podejmował kolejne błędne decyzje strategiczne i ostatecznie ich kierowca stracił szansę na mistrzostwo zajmując drugie miejsce podobnie jak zespół w klasyfikacji generalnej konstruktorów. Binotto zmierzył się z krytyką mediów oraz fanów, co doprowadziło do jego odejścia. 29 listopada 2022 roku zespół poinformował o zwolnieniu Binotto ze stanowiska szefa zespołu. Wraz z końcem roku Włoch całkowicie zakończył współpracę z Ferrari po 28 latach pracy na różnych szczeblach zespołu.
Kariera w Sauber Motorsport (Audi) 23 lipca 2024 roku został mianowany dyrektorem ds. technologii zespołu Sauber w Formule 1 po zwolnieniu Andreasa Seidla. Binotto ma z nimi pozostać kiedy zespół będzie przechodził zmianę na Audi.