Spuścizna i śmierć thumb|upright=1.1|Grób Hilli von Rebay w Teningen Po śmierci Solomona Guggenheima w 1949 pozycja Rebay zdecydowanie osłabła. Bratanek i jeden ze spadkobierców Guggenheima – Harry Frank Guggenheim (1890–1970) – nie podzielał jej wizji Muzeum ściśle związanego ze sztuką nieprzedstawiającą i poprosił ją o dymisję. Rebay ustąpiła z zajmowanych stanowisk kierowniczych (dyrektora Fundacji i dyrektora Muzeum) w 1952, ale kontynuowała współpracę jako doradca i emerytowany dyrektor. Sporo podróżowała, wykładała, malowała i wspierała artystów. Rozważała też stworzenie własnego muzeum we Franton Court, swoim domu w Greens Farms, Westport, w stanie Connecticut, gdzie eksponowałaby dzieła sztuki ze swojej prywatnej kolekcji, obejmującej prace Bauera, Caldera, Gleizesa, Kandinskiego, Klee'a, Mondriana i Schwittersa. Po śmierci Rebay kolekcja ta, razem z jej prywatnym archiwum, została włączona do zbiorów Muzeum Guggenheima jako Hilla von Rebay Foundation.
Hilla Rebay zmarła na atak serca w swoim domu, w 1967. Zgodnie z jej życzeniem została pochowana w rodzinnym grobowcu w Teningen, w Niemczech.