Objawy Oznaki etiologiczne pojawiają się głównie na źdźbłach, i do tego nawiązuje nazwa choroby. Choroba objawia się jako rdzawobrunatne, podłużne i pylące plamki. Są to uredinia, w których powstają urediniospory. Tworzą się głównie na źdźbłach, ale czasami także na pochwach liściowych, liściach i kłosach. W Polsce zazwyczaj pojawiają się w drugiej połowie czerwca i w lipcu. Uredinia mają długość 3-10 mm i powstają pod skórką rośliny. Dojrzewając powodują rozrywanie skórki, która obumiera i staje się srebrzysta. W późniejszym terminie plamki stają się ciemniejsze – obok urediów, w tych samych miejscach zaczynają bowiem powstawać czarne telia wytwarzające zarodniki przetrwalnikowe – teliospory. Czasami górna część plamki jest jeszcze rdzawa, gdyż zawiera urediniospory, a dolna już czarna od teliospor. Z czasem powstają już tylko telia.
Epidemiologia Rdza zbożowa jest pasożytem dwudomowym, znaczy to, że jej rozwój odbywa się na dwóch różnych żywicielach. Jest też pasożytem obligatoryjnym, czyli może rozwijać się tylko na żywych organizmach i rdzą pełnocyklową – wytwarza wszystkie typowe dla rdzy rodzaje zarodników.