Ala ad-Daula, którego Szahruch pozostawił w Heracie, wkrótce ogłosił się w nim sułtanem, podczas gdy drugi brat Sultana Muhammada, Babur, zajął dla siebie Mazandaran.
Sultan Muhammad dowiedział się o śmierci Szahrucha w Hamadanie i wkrótce zawrócił do Komu, dokąd szybko pośpieszyło wielu lokalnych władców by ponownie uznać jego zwierzchność. Wśród nich byli między innymi wspomniany już Dżalad ad-Din Czakmak z Jazdu oraz rządzący w Kermanie Hadżdżi Muhammad. Jesienią Sultan Muhammad wyruszył na podbój Farsu i 5 października 1447 roku zdobył Sziraz. Małoletni Abdallah został wysłany do Chorasanu. Kiedy Sultan Muhammad przebywał w Szirazie Kara Kojunlu zajęli większość północnego Iranu aż po Sawe. Jednocześnie wczesną wiosną 1448 roku Uług Beg (1409-1449), jedyny żyjący syn Szahrucha, zaatakował Ala ad-Daulę i zajął Herat. Wkrótce Ala ad-Daula wraz z babką synów Bajsunkura, Gouharszad, znaleźli się na dworze Sultana Muhammada. Sultan Muhammad wykorzystał bliskie relacje łączące Gouharszad i władcę Kara Kojunlu, Dżahanszaha (1438 - 1467), by ta w jego imieniu wynegocjowała rozejm. Ustalono, że Sultan Muhammad otrzyma córkę Dżahanszaha za żonę ten zaś przyjmie Hamadan, Kazwin i Soltanije jako swoistą zapłatę za jej rękę.