U roślin będących organizmami tkankowymi ściany komórkowe są częścią apoplastu, przedziału zewnątrzkomórkowego przez który transportowana jest znaczna ilość wody i substancji w niej rozpuszczonych. Struktura ścian komórkowych pozwala regulować transport zachodzący w apoplaście. Za największe cząsteczki białek, które mogą przemieszczać się w obrębie porów ścian uznaje się cząstki o masie 10–50 kDa. Komórki niektórych tkanek poprzez depozycję substancji hydrofobowych stają się nieprzepuszczalne dla wody. Tak jest na przykład w komórkach endodermy. Konieczność przejścia wody i związków w niej rozpuszczonych przez błonę komórkową pozwala ściśle kontrolować transport tych substancji. Połączenie cytoszkieletu ze ścianą komórkową ułatwia rozmieszczenie organelli wewnątrz komórki oraz ich ruchy. Możliwe jest także przeniesienie sygnałów chemicznych oraz mechanicznych z powierzchni komórki do wnętrza jądra. Wiele znanych cząsteczek sygnałowych, na przykład tlenek azotu i reaktywne formy tlenu, generowanych jest w ścianie komórkowej. Umożliwiają one reakcje komórek na stres powodowany przez czynniki biotyczne i abiotyczne. Fragmenty oligosacharydowe oraz glikoproteinowe mogą pełnić funkcję elicytorów.