Następne lata to okres okazywania niezadowolenia wobec polityki okupanta, nie tylko przez uczniów, ale i wykładowców. W 1905 r. w szkole wybuchł strajk (uczniowie w jednoznacznym geście opuścili szkołę i podjęli naukę na wykładach poza szkołą). Znacznej części uczestników buntu uniemożliwiono dalszą edukację i odebrano przywileje uczniowskie.
Przywrócenie szkoły do działania nastąpiło, za zgodą władz niemieckich, dopiero w roku szkolnym 1915/1916 pod nazwą Gimnazjum Męskie Towarzystwa Opieki Szkolnej w Częstochowie. Ówczesny dyrektor Wacław Płodowski (1881–1939) doposażył szkołę w nowe pomoce naukowe, sprzęt i laboratoria specjalistyczne (niektóre sprowadzone z Cambridge z Anglii). Kadrę w tym okresie stanowili m.in. Władysław Biegański, Władysław Tatarkiewicz i Edward Mąkosza. Gimnazjum było wtedy uznawane za bardzo prestiżowe, nie tylko w regionie, ale i w całej Polsce.
22 listopada 1916 – równo tydzień po śmierci Henryka Sienkiewicza, gimnazjum przyjęło jego imię.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości szkoła została przekazana państwu i zmieniła nazwę na Królewsko-Polskie Gimnazjum im.