Budynek kościoła został dwukrotnie uszkodzony. Pierwszy raz miało to miejsce w 1888 r., kiedy burza z gradem rozbiła wszystkie okna od strony północno-zachodniej. Kolejny raz świątynia uległa zniszczeniu podczas II wojny światowej. Dzięki działaniom księdza proboszcza Gustawa Molina, po zakończeniu działań wojennych kościół wyremontowano. Elewacja została odnowiona w 1982 r.
Z powodu pożaru międzyrzeckiego kościoła rzymskokatolickiego, w latach 1993-2000 w kościele ewangelickim odprawiano również msze katolickie.
W 2016 r. doszło do pożaru w zakrystii kościołaDziennik Zachodni – Międzyrzecze Górne: Pożar zakrystii w kościele ewangelickim. Trwa akcja strażaków.
Wyposażenie kościoła Ołtarz wykonano w II połowie XIX wieku z drewna pomalowanego na biało i ze złotymi elementami. W jego środkowej części umieszczono obraz Ostatnia Wieczerza, a także drewniane figury świętego Piotra i Pawła. Ponad ołtarzem znajduje się ambona, na którą prowadzą schody rozpoczynające się za prezbiterium. Obok ołtarza ustawiono chrzcielnicę z pokrywą w kształcie odwróconego kielicha z elementami pąków kwiatów.