Początkowo Maltańczycy wspomagali Francuzów, lecz nie otrzymawszy w zamian tego, czego oczekiwali, przy wzrastającym niezadowoleniu oraz wspomagani przez właścicieli ziemi i Kościół katolicki (Vincenzo Labini, biskup Malty, znał plany powstańców), rozpoczęli walkę z okupantami, tworząc w różnych miejscach ochotnicze bataliony. W takiej atmosferze Ta’ Xindi Farmhouse stał się również znany jako San Gwann Headquarters, kiedy kapitan Vincenzo Borg przejął dowództwo powstania przeciwko Francuzom, znanego jako Gharghar rise. Przedstawiciel Anglii, późniejszy Cywilny Komisarz Malty Alexander Ball pierwotnie nie ufał Vincenzowi Borgowi, w przekonaniu, że ten chce przejąć władzę nad Maltańczykami.
Podczas walk, farmhouse, teraz wysunięty posterunek, używany był jako tajny punkt dowodzenia, kiedy żołnierze francuscy przejęli kontrolę nad fortyfikacjami Malty. Budynek został obsadzony przez batalion Kongresu Narodowego z Birkirkary, liczący 550 żołnierzy pochodzących z okolicy, którzy strzegli i patrolowali pobliski obszar, a w razie potrzeby atakowali wspólnie z posterunkami w Birkirkarze i Mosta. 2 września powstańcom udało się zdobyć dwa 18-funtowe działa, które zostały umieszczone w budynku i czasem używane.