W drugiej połowie XI wieku przystąpiono do budowy drugiej bazyliki. Powstała w niej nowa, romańska konfesja, trzecia z kolei. Znajdowała się ona w środkowej części nawy głównej, w centrum romańskiej bazyliki; miała postać monumentalnej konstrukcji – cokołu, zbudowanego na planie prostokąta o szerokości ponad 4 m i rekonstruowanej długości ok. 6 m. We wschodniej jego partii znajdowała się komora grobowa na planie kwadratu o boku ok. 1,7 m, licowana od wnętrza ciosami. Komora grobowa, przesklepiona, stawała się namiastką krypty. Nad nią znajdował się ołtarz, ulokowany na wyniesionym nad poziom posadzki cokole.
W drugiej połowie XII wieku skuto konfesję i wybudowano nową, czwartą konfesję przesuwając ją do wschodniego przęsła, sąsiadującego z prezbiterium, gdzie później znajdowały się również kolejne konfesje gotyckie i nowożytne. Konfesja była wydłużoną strukturą na planie prostokąta o szerokości ok. 1,7 m i długości niespełna 3,5 m. Nie zawierała ona elementu wziemnej komory grobowej, lecz przeznaczona była do ostentacji relikwiarza św. Wojciecha powyżej poziomu użytkowego katedry. Relikwie były eksponowane w sarkofagu architektonicznym, umieszczonym ponad ziemią na cokole, do którego od zachodu dochodził zapewne ołtarz.