W czasie II wojny światowej baldachim został zdemontowany i złożony w pomieszczeniach wieży południowej, przygotowany do wywiezienia przez Niemców, do czego jednak nie doszło. Przetrwał po zawaleniu się hełmu wieży w 1945 roku, ale został odkryty dopiero w latach 90.. Same relikwie zostały wywiezione w czasie wojny do Inowrocławia, gdzie przetrwały okupację i działania wojenne. Trumienka również nie ucierpiała w tym czasie.
W nocy z 19 na 20 marca 1986 roku doszło do włamania, w czasie którego złodzieje łomami i brzeszczotami wyrwali i wycięli ozdoby, dewastując całość. Ukradli z sarkofagu postać św. Wojciecha wykonaną w srebrze, pastorał biskupi, poduszkę srebrną, trzy aniołki, odłamali też skrzydła sześciu orłom. Z wieka trumny oderwali fragment srebrnej blachy. Zostali schwytani w Gdańsku, jednak srebro zostało przetopione.