Kilka miesięcy później Ala ad-Dauli udało się uciec z więzienia i udał się on do panującego w Iraku Perskim, Farsie i Kermanie Sultana Muhammada.
W kwietniu/maju 1449 roku Babur uznał nominalną zwierzchność Sultana Muhammada, chcąc zabezpieczyć się przed atakiem z jego strony. Teraz jednak Sultan Muhammad podjął próbę bezpośredniego zajęcia Chorasanu, do czego prawdopodobnie zachęcali go Ala ad-Daula i babka wszystkich trzech braci, Gouharszad Agha. Wyruszył on na północny wschód jesienią 1449 roku i kiedy Babur odrzucił jego wezwanie podporządkowania się pokonał go nieopodal Dżamu 30 października 1449 roku, po czym zajął Herat. Podobnie jak Babur Sultan Muhammad obawiał się popularności Ala ad-Dauli w regionie i wysłał go jako swojego namiestnika do Kabulu. Tymczasem niekompetentne rządy głównego emira Sultana Muhammada, Hadżdżi Muhammada, sprawiły, iż niezadowolenie mieszkańców z nowych rządów zaczęło narastać. Na wiosnę 1450 roku Sultan Muhammad wyruszył przeciwko Baburowi, który jednak pokonał jego straż przednią 16 maja 1450 roku, w bitwie w której zginął dowodzący nią Hadżdżi Muhammad. Kiedy Sultan Muhammad zaatakował go z resztą swojej armii Babur zarządził odwrót. Pomimo to Sultan Muhammad był niechętny ściganiu przeciwnika, szczególnie kiedy dowiedział się, iż wykorzystując jego nieobecność Ala ad-Daula zajął Herat.