Wady Wady PTR-MS: niemożność oznaczania związków wykazujących niższe powinowactwo do protonu niż woda wysokie koszty aparaturowe trudności w oznaczaniu niektórych związków obecnych w jednej mieszaninie o zróżnicowanych wartościach stężeń wysoka czułość na bardzo niewielkie zmiany stężeń lotnych związków chemicznych obecnych w laboratorium możliwość łączenia się cząsteczek wody z jonami hydroniowymi trudność w oznaczaniu złożonych mieszanin o nieznanym składzie brak możliwości rozróżniania i identyfikacji związków o identycznej masie cząsteczkowej
Zastosowania PTR-MS ma zastosowanie m.in. w: medycynie – np. analiza powietrza wydychanego przez człowieka pod kątem wykrywania substancji mogących stanowić markery chorób układu oddechowego czy innych narządów. Często zawartość niektórych substancji może wynikać z wielu różnych czynników, takich jak zmęczenie organizmu spowodowane nadmiernym wysiłkiem fizycznym. Możliwe jest również oznaczanie wybranych związków chemicznych z grupy nitryli do oceny zatrucia organizmu spowodowanego paleniem tytoniu (zarówno czynnego, jak i biernego) i związanego z tą czynnością środowiskowego dymu tytoniowego (Environmental Tobacco Smoke – ETS).