Krabat postanawia zabić czarnoksiężnika. W tym celu intensywnie uczy się czarnej magii. W międzyczasie spotyka się potajemnie ze swoją ukochaną – Kantorką. Miłość do dziewczyny dodaje mu sił i motywacji do walki z czarnoksiężnikiem. Pewnego dnia Krabat dowiaduje się od jednego z przyjaciół, że szczera miłość dziewczyny do czeladnika może pokonać złego czarnoksiężnika. W tym celu dziewczyna musi przyjść do młyna w noc sylwestrową, poprosić o uwolnienie ukochanego i przejść śmiertelną próbę. Krabat waha się, nie chcąc wystawiać ukochanej na niebezpieczeństwo, ale dziewczyna sama postanawia stawić czoła zadaniu.
Pod koniec trzeciego roku czarnoksiężnik proponuje Krabatowi, żeby ten został jego następcą. Krabat odrzuca propozycję, więc czarnoksiężnik decyduje się złożyć go w ofierze. Nie udaje mu się to jednak, ponieważ do młyna przychodzi Kantorka i żąda uwolnienia ukochanego. Następnie pomyślnie przechodzi próbę, dzięki czemu uwalnia Krabata i pozostałych uczniów. Czarnoksiężnik umiera, a młyn staje w płomieniach.
Ekranizacje Pierwsza ekranizacja Krabata powstała w 1977 roku. Był to czeski film animowany pod tytułem Čarodějův učeň wyreżyserowany przez Karela Zemana.