Dzięki Mikulicz otrzymał stypendium fundacji Silbersteina w wysokości 700 guldenów rocznie.

Nauczycielami Mikulicza byli: anatom Josef Hyrtl, fizjolog Ernst Wilhelm von Brücke, patolog Karl von Rokitansky, , Ferdinand von Hebra, Joseph Škoda i Carl Braun von Fernwald. Zespół tych uczonych określany bywa jako Młodsza Szkoła Wiedeńska (Jüngere Wiener Schule).

W 1873 roku odbył rok służby jako einjähriger Arzt („jednoroczny lekarz”), a po odbyciu służby został nadlekarzem rezerwy austriackiej Landwehry.

W marcu 1875 roku Mikulicz zdał egzamin państwowy i uzyskał stopień doktora wszechnauk lekarskich (Medicinae Universae Doctor). W tym samym roku oświadczył się Henrietcie.

Po ukończeniu studiów Mikulicz zdecydował się na specjalizację z chirurgii. Dostał się, za protekcją profesora Neumanna, do II kliniki chirurgicznej Theodora Billrotha w charakterze wolontariusza (Operationszögling). Początkowo Billroth odradzał Mikuliczowi podjęcie zawodu chirurga, sugerując się jego kondycją fizyczną;