Kiedy Teksas wystąpił z Unii w 1861 roku (wybuch wojny secesyjnej) Houston, będąc gubernatorem, odmówił złożenia przysięgi wierności Konfederacji, co zadecydowało o jego odwołaniu ze stanowiska. By uniknąć rozlewu krwi odmówił propozycji armii Unii by stłumić konfederacki bunt. Przeniósł się wtedy do Huntsville w Teksasie, gdzie zmarł przed zakończeniem wojny.
Houston był wielokrotnie wyróżniany. Od jego nazwiska nazwano teksańskie miasto Houston, najludniejsze miasto w Teksasie oraz 4. w Stanach Zjednoczonych. Na cześć Houstona nazwano pięć amerykańskich okrętów marynarki wojennej: USS Houston (AK-1, CA-30, CL-81, SSBN-609 i SSN-713), amerykańską bazę wojskową, las państwowy, uniwersytet i wzniesiono ponad 20-metrowy pomnik.
Przodkowie i młodość thumbnail|left|Tablica upamiętniająca miejsce urodzenia Houstona w hrabstwie Rockbridge Houston był piątym synem z dziewięciorga dzieci majora Samuela Houstona i Elizabeth Paxton. Pradziadek Sama, John Houston, w 1735 roku wyemigrował z Belfastu w Irlandii Północnej do Ameryki Północnej. Początkowo osiedlił się wraz z rodziną w Pensylwanii, by później przenieść się do Wirginii. Mieszkańcy doliny, w której się oni osiedlili była „twierdzą” prezbiterian. John zbudował tam kamienny kościół, z którego często korzystali ich sąsiedzi.