Uwagę na Batrachotomus zwrócił pierwszy w 1993 Michael Parrish, paleontolog z Northern Illinois University. Parrish sformułował hipotezę, zgodnie z którą Batrachotomus (określany wtedy jako „Kupferzellia”) należał do rodziny Rauisuchidae, innego kladu mięsożernych gadów, a nawet do rodzaju Rauisuchus. Jednak opis puszki mózgowej i powtórna analiza kladystyczna dokonana przez Bentona i Walkera wykazały bliskie pokrewieństwo między Batrachotomus i Prestosuchus, doprowadzając do przeniesienia Batrachotomus do rodziny Prestosuchidae.
Sterling J. Nesbitt (2011) zrewidował klasyfikację bazalnych archozaurów i wykorzystując najobszerniejszą dotychczas analizę filogenetyczną tej grupy wykluczył monofiletyzm Prestosuchidae. Członkowie tej grupy okazali się wedle jego badań pierwotnymi Loricata, z których Batrachotomus okazał się najbardziej zaawansowanym ewolucyjnie, a więc najbliżej spokrewnionym z kladem zawierającym Crocodylomorpha i Rauisuchidae. Kolejne pochodne tej analizy wspierały dalej tę hipotezę.