Stephen W. Harkness zmarł na pokładzie swojego jachtu. Stephen i Anna Harknessowie zostali pochowani w Cleveland na cmentarzu Like View obok Johna D. Rockefellera.
Filantropia
Po śmierci Stephena jego druga żona Anna M. Harkness utworzyła Commonwealth Fund, fundację mającą na celu wspieranie ochrony zdrowia. Pod kierownictwem ich drugiego syna, Edwarda Harknessa, fundacja poczyniła szereg donacji, których wartość przekroczyła 129 milionów dolarów (ekwiwalent 2 miliardów dolarów w 2005). Fundacja była głównym donatorem Nowojorskiej Biblioteki Publicznej, innym razem przyczyniła się do powstania kolekcji sztuki starożytnego Egiptu w Metropolitan Museum of Art.
Edward utworzył także dwie organizacje w Wielkiej Brytanii, Harkness Fellowships oraz w 1930 Pilgrim Trust z kapitalizacją ponad 2 milionów funtów, w podziękowaniu za udział Wielkiej Brytanii w I wojnie światowej oraz w celu podkreślenia związku z krajem jego przodków. Obecne działania Pilgrim Trust mają na celu, ochronę ważnych ze względów historycznych i kulturowych obiektów na terenie Wielkiej Brytanii, promocję sztuki i edukacji.