Podczas okupacji przebywała w Warszawie. Utraciwszy dotychczasowe zajęcie, podejmowała różne prace zarobkowe. Zatrudniona była jako sprzedawczyni, salowa w szpitalu, kelnerka w cukierni czy roznosicielka pieczywa. Nie przerwała jednak twórczości literackiej. W 1942 roku uznanie (i nagrodę) zdobył jej wiersz pt. „Rok 1941”, a w 1943 roku powstał jeden z najlepszych jej utworów scenicznych: oparty na motywach antycznych dramat pt. Orfeusz. Sztuka ta zdobyła II nagrodę w konkursie literackim zorganizowanym przez warszawskie podziemie kulturalne, w którego życiu brała Świrszczyńska czynny udział: publikowała w konspiracyjnych pismach i wydawnictwach, wydała kolejną książeczkę dla dzieci, a w planach miała napisanie cyklu powieści historycznych dla młodzieży. Już po wojnie ukazał się jednak tylko pierwszy z zamierzonych tomów: Arkona – gród Świętowita, o walce plemion słowiańskich z Germanami. Przeważająca większość jej tekstów przeznaczonych dla młodego czytelnika to wierszem pisana polska historia i polskie legendy historyczne.
Świrszczyńska wzięła udział w powstaniu warszawskim (1944) jako sanitariuszka. Po jego upadku przedostała się do Sochaczewa, skąd na początku 1945 wyjechała do Krakowa, w którym mieszkała do końca życia.