Ostatecznie za wstawiennictwem Heinricha Drägera został wypuszczony, a do końca wojny ukrywał się u rodziny Heinck, z której pochodziła jego przyszła małżonkaWer ist wer? Das deutsche Who’s who (vormals Degeners Wer ist’s?). Bundesrepublik Deutschland, Band 29, Schmidt-Römhild, Lübeck 1990, S. 117..
Po 1945 kontynuował kształcenie studiując filozofię, germanistykę i klasyczną filologię na Uniwersytecie w Hamburgu. W 1947 uzyskał tytuł doktorski za pracę Beiträge zum Problem der Ursprünglichkeit der mittelalterlich-scholastischen Ontologie na Uniwersytecie w Kilonii, gdzie dwa lata później otrzymał również habilitację za pracę Die ontologische Distanz. Eine Untersuchung über die Krisis der Phänomenologie Husserl. Już w 1958 został profesorem nadzwyczajnym na Uniwersytecie w Hamburgu, a w 1960 profesorem zwyczajnym na Uniwersytecie w Gießen. W 1965 przeniósł się do Bochum, a w 1970 do Münster, gdzie pracował aż do przejścia na emeryturę w 1985 roku. Blumenberg był członkiem Akademie der Wissenschaft und der Literatur zu Mainz, Senatu Deutsche Forschungsgemeinschaft i współzałożycielem powołanego w 1963 roku stowarzyszenia naukowców „Poetik und Hermeneutik”.