w wyniku strzelaniny jeden ze studentów zginął, a ówczesny rektor Adam Rosczewicz pozwał Rolińskiego przed trybunał lubelski. Wydany wówczas wyrok usunięcia Rolińskiego z uniwersytetu został później anulowany i nie przeszkodził nawet w ponownym wyborze na rektora, ale zarazem podważył jego pozycję w środowisku akademickim. Wcześniej Roliński był oskarżany o nepotyzm (przeforsował przyjęcie na uniwersytet szwagra, doktora promocji rzymskiej Mikołaja Zalaszowskiego) oraz o zaniedbanie obowiązków wykładowcy (co tłumaczył pracą lekarza). Głośny był również zatarg Rolińskiego z najstarszym synem Janem, który przystąpił do Szwedów w czasie potopu, ograbił dom ojca i bez jego wiedzy zawarł związek małżeński, po czym zbiegł z Krakowa.
Franciszek Roliński zmarł w lipcu 1674 w Krakowie i został pochowany w kościele Wszystkich Świętych. Był dwukrotnie żonaty;