W 1799 r. polscy legioniści (ok. 8 tys.) wzięli udział w walkach z wojskami II koalicji antyfrancuskiej. W tym okresie legiony poniosły szereg porażek i ciężkie straty, np.: w bitwach pod Weroną, Magnano, w oblężonej Mantui, bitwach nad Trebbią, I bitwie pod Novi i bitwie pod Bosco. Straty pierwszej legii wynosiły 2 tys. zabitych i rannych; w drugiej legii, dowodzonej wówczas przez Dąbrowskiego, pozostało tylko 800 żołnierzy zdolnych do walki. W 1799 r. powstał nad Renem, dowodzony przez gen. Kniaziewicza, legion zwany naddunajskim, a w roku 1800 Dąbrowski odbudował 6-tysięczny legion pod nazwą Pierwsza Polska Legia.
W tym czasie Francuzi odnosili kolejne zwycięstwa nad wojskami koalicji na wielu frontach, m.in.: pod Zurychem (Szwajcaria), Castricum (Holandia) w 1799 oraz pod Marengo (Włochy) i Hohenlinden (Bawaria) w 1800. Rosja poróżniona z Austrią i Wielką Brytanią wycofała się z koalicji antyfrancuskiej, a Austria zawarła pokój z Francją w Lunéville w lutym 1801 r., ale skończona wojna nie przyniosła jednak pozytywnego rozwiązania kwestii polskiej. To powodowało rozprzężenie w armii, zwątpienie, dochodziło do otwartej krytyki polityki Francji. Oficerowie podawali się do dymisji.