Po maturze rozpoczął studia polonistyczne na konspiracyjnym Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie, ale przerwał je z powodu wyjazdu do Krakowa (pod koniec marca 1944, przed ponownym wkroczeniem Armii Czerwonej do Lwowa).
mały|Tablica upamiętniająca Zbigniewa Herberta na budynku Collegium Maius Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu Początkowo mieszkał w podkrakowskich Proszowicach (maj 1944 – styczeń 1945). W Krakowie studiował ekonomię, uczęszczał także na wykłady na Uniwersytecie Jagiellońskim i Akademii Sztuk Pięknych. Z różnych jego późniejszych wypowiedzi wnioskować można, że mniej więcej w tym samym czasie nawiązał kontakt z akowską lub poakowską konspiracją. W 1947 uzyskał po trzyletnich studiach dyplom Akademii Handlowej. Rozpoczęte w Krakowie studia prawnicze kontynuował na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, gdzie w 1949 uzyskał tytuł magistra praw. W tym samym roku został przyjęty na drugi rok filozofii na UMK w Toruniu, studiował tam m.in. u swego późniejszego mistrza – Henryka Elzenberga. Od 1948 mieszkał w Sopocie, dokąd w 1946 przeprowadzili się jego rodzice. Podejmował się różnych zajęć: pracował w Narodowym Banku Polskim w Gdyni (1 marca – 30 czerwca 1948), redagował „Przegląd Kupiecki”, pracował w biurze Oddziału Gdańskiego Związku Literatów Polskich (1949–1950).