Kariera klubowa Początki Jest wychowankiem akademii piłkarskiej Kadji Sport Academies w Duali, w której występował w latach 1992–1996. W 1996 roku, mając 15 lat przeniósł się do akademii Realu Madryt, z którym podpisał sześcioletni kontrakt i w tym samym roku rozpoczął treningi w drużynie B tego klubu (Real Madryt Castilla). W sezonie 1996/1997 Real Madryt Castilla zajął 18. miejsce w Segunda División i spadł do niższej klasy. Z uwagi na fakt, że w hiszpańskiej III lidze nie mogli wówczas występować piłkarze spoza państw Unii Europejskiej, Eto’o, nie mając szans na włączenie do kadry pierwszego zespołu „Królewskich”, musiał opuścić Real. W związku z tym w sezonie 1997/1998 został wypożyczony do II-ligowego CD Leganés, a w 1999 roku do RCD Espanyol, w którym na skutek nieporozumień z trenerem zagrał tylko jedno oficjalne spotkanie ligowe. Sytuacja nie uległa poprawie nawet po mistrzostwach świata 1998, w których wystąpił jako najmłodszy zawodnik turnieju. Niechciany w Madrycie został po raz kolejny wypożyczony – tym razem do RCD Mallorca – gdzie grał aż do wygaśnięcia kontraktu z Realem.