W 1975 Minister Handlu Zagranicznego i Gospodarki Morskiej, na wniosek rektora Wyższej Szkoły Morskiej, przeniósł służbowo Andrzej Marsza do pracy w Wyższej Szkole Morskiej w Gdyni. W Wyższej Szkole Morskiej pracował na Wydziale Nawigacyjnym, w Zakładzie (później Katedrze) Meteorologii i Oceanografii. Oprócz meteorologii i oceanografii dla studentów Wydziału Nawigacyjnego, wykładał też geografię transportu morskiego dla studentów Wydziału Administracyjnego.
Był dyrektorem Instytutu Eksploatacji Statku na Wydziale Nawigacyjnym WSM (1977–1981), kierownikiem Zakładu Meteorologii i Oceanografii Nautycznej (1984–1992), a po jego przekształceniu w Katedrę Meteorologii i Oceanografii Nautycznej kierował nią w latach 1992–2007. W latach 1982–1984 był prorektorem do spraw studenckich WSM. W 2015, po likwidacji Katedry Meteorologii i Oceanografii i przeniesieniu go do Katedry Geodezji i Oceanografii, Andrzej Marsz zrezygnował z pracy w Akademii Morskiej.
W latach 1987–1988 był kierownikiem praktyk na statku szkolnym Antoni Garnuszewski.