Profesor Kowalski był znakomitym uczonym, cieszącym się uznaniem międzynarodowego środowiska naukowego, wytrawnym badaczem, świetnym pedagogiem i organizatorem, twórcą nowoczesnej polskiej arabistyki, turkologii i islamistyki. Wykształcił wielu polskich naukowców i znawców Orientu, między innymi Ananiasza Zajączkowskiego (1903–1970) i Józefa Bielawskiego (1909–1997), późniejszych profesorów Uniwersytetu Warszawskiego i twórców orientalistyki warszawskiej.
Po drugiej wojnie światowej Działalność dydaktyczną jednostki przerwaną przez II wojnę światową wznowiono w marcu 1945 r. Pierwszy powojenny rok akademicki trwał zaledwie trymestr, dopiero rok akademicki 1945/46 zapewnił pełnowymiarowy tok nauczania.
Po śmierci prof. Kowalskiego w 1948 r. katedrę objął historyk mediewista i arabista prof. Tadeusz Lewicki (1906–1992). Począwszy od lat 50. w programie studiów krakowskiej orientalistyki zaczęły się wyodrębniać trzy specjalizacje – arabistyczna, turkologiczna i iranistyczna, a podział ten został usankcjonowany 1 czerwca 1972 r. wraz z powołaniem odrębnych zakładów w ramach nowo powstałego Instytutu Filologii Orientalnej. Po przejściu prof. Tadeusza Lewickiego na emeryturę w 1976 r. kierownikiem Zakładu Arabistyki oraz dyrektorem Instytutu Filologii Orientalnej został arabista, językoznawca i dialektolog prof.