W przeciwieństwie do innych trybów, wiadomości są przesyłane jako jednostki atomowe po skompresowaniu, a następnie zakodowane w procesie zwanym korektą błędów (lub „FEC”). FEC dodaje nadmiarowość do danych, dzięki czemu można pomyślnie odzyskać całą wiadomość, nawet jeśli wystąpią przerwy w odbiorze transmisji. (Szczególnym kodem stosowanym w JT65 jest Reed-Solomon.) Z powodu tego procesu FEC komunikaty są albo poprawnie dekodowane, albo wcale nie dekodowane, z bardzo dużym prawdopodobieństwem. Po zakodowaniu wiadomości są one przesyłane za pomocą MFSK z 65 tonami.
Operatorzy zaczęli również używać trybu JT65 do kontaktów na pasmach HF, często używając QRP (nadajnika o małej mocy), podczas gdy tryb nie był pierwotnie przeznaczony do takiego użytku, to popularność programu spowodowała dodanie kilku nowych funkcji WSJT-X w celu ułatwienia pracy na falach krótkich.