Na nowym miejscu drewniany kościół został wzniesiony w 1809 r. (wg innych źródeł w 1830) ze środków miejscowego właściciela ziemskiego Stefana Niezabytowskiego, podkomorzego nowogródzkiego. Świątynię odnawiano ze środków parafian w 1866 r. (odrestaurowano wnętrze), w 1928 r. (ściany oszalowano na zewnątrz i wewnątrz), w 1950 r. (dach kryty gontem zamieniono na blaszany). W swojej architekturze kościół ma cechy baroku i klasycyzmu.
Po II wojnie światowej władze sowieckie nie raz próbowały zamknąć kościół. W latach 1961–1975 kościół był zamknięty. W latach 70. XX w. budynek został wpisany na listę zabytków architektury. Kościół został wyremontowany przez parafian i w sierpniu 1988 r. parafia trokielska ponownie została oficjalnie zarejestrowana.
W 1994 r. kościół otrzymał status sanktuarium diecezji grodzieńskiej.
Architektura Jest to kościół halowy z pięciokątną absydą, flankowaną dwiema kwadratowymi zakrystiami, przykryty dachem dwuspadowym z biodrami nad ołtarzem. Biodrami jest przykryta również kruchta-babiniec, która jest zbudowana na wysokości gzymsu głównej objętości.