Po wybuchu powstania antykrzyżackiego w 1454 r i inkorporacji Prus przez króla Kazimierza Jagiellończyka, ustanowił on w Prusach Dolnych województwo królewieckie, nazywane też województwem dolnopruskim (der Nieder Land). Wojewodą królewieckim (dolnopruskim) został Ścibor Bażyński, który formalnie sprawował ten urząd do 1467 roku.
W wyniku II pokoju toruńskiego (1466) kończącego wojnę trzynastoletnią Prusy Dolne pozostały przy Prusach Zakonnych, które przeniosły tu, do Królewca, swoją stolicę i środek ciężkości. Żyzne ziemie dorzecza Pregoły i dolnej Łyny oraz Niziny Pruskiej sprzyjały rozwojowi ziemiaństwa. Po sekularyzacji Zakonu w 1525 w Prusach Dolnych, podobnie jak w Prusach Górnych, zapanował protestantyzm (w odróżnieniu od sąsiedniej katolickiej Warmii).
Prusy Dolne jako część Prus Zakonnych i Książęcych były w latach 1466-1657 lennem Królestwa Polskiego. W roku 1701 powstało Królestwo Prus, które w 1871 wieku weszło w skład zjednoczonych Niemiec.