W okresie 3100-2100 p.n.e., nazywanym okresem przedpałacowym lub wczesnominojskim, pojawiają się ślady wytwarzania narzędzi z brązu i użycia koła garncarskiego. Niektóre budowle z tego okresu posiadają już dwie kondygnacje. W grobach znajdowana jest złota biżuteria. W latach 3000–1500 p.n.e. na wyspie rozwija się kultura minojska. Powstają pałace w Knossos, Fajstos i innych miejscowościach oraz rozwija się handel obejmujący wschodnią część Morza Śródziemnego po Sycylię i Wyspy Liparyjskie. Około roku 1450 p.n.e. Knossos zajmują Mykeńczycy. Wszystkie pałace zostają ostatecznie zniszczone pod koniec XIV w. p.n.e., prawdopodobnie przez Dorów, którzy w okresie klasycznym zamieszkiwali większość wyspy. W Iliadzie Kreta jest opisywana jako posiadająca 100 miast.

W epoce hellenistycznej przejściowo opanowali Kretę Ptolemeusze.

W 69 p.n.e. Rzymianie podbili Kretę i ustanowili Gortynę stolicą prowincji Creta et Cyrenaica. Po podziale Cesarstwa Rzymskiego w 395 Kreta stała się częścią Cesarstwa Bizantyjskiego.

W latach 824–961 znajdowała się pod panowaniem arabskim.

Od 961 wróciła do Cesarstwa Bizantyjskiego.