3 października 1929 zmieniono nazwę państwa na „Królestwo Jugosławii”, również Związek Piłkarski w maju 1930 został przeniesiony do Belgradu i przyjął serbską nazwę FSJ (Fudbalski savez Jugoslavije). Protestując na przemieszczenie siedziby chorwaccy piłkarze i trenerzy bojkotowali do 1945 reprezentację narodową Jugosławii. W 1939 po utworzeniu autonomicznej Banowiny Chorwacji prowadzone osobno rozgrywki mistrzostw Banowiny Chorwacji w sezonach 1939/1940 i 1940/1941 oraz mistrzostw Serbii w sezonie 1940/1941.
W czasie II wojny światowej w roku 1941 faszystowskie ugrupowanie ustaszy na czele z Ante Paveliciem przejęło władzę, ogłosiło niepodległość i powstało Niepodległe Państwo Chorwackie (NDH). Terytorium Chorwacji sprzymierzonej wówczas z Niemcami obejmowało Chorwację właściwą (choć nie całą, część terytorium przyłączono do Włoch) oraz tereny dzisiejszej Bośni i Hercegowiny. W latach 1941–1944 prowadzone mistrzostwa NDH.