Wskutek aneksji Austrii przez Rzeszą Niemiecką 12 marca 1938 roku rozgrywki w Austrii były organizowane jako część mistrzostw Niemiec. Austriackie kluby walczyli w Gaulidze, a zwycięzca potem uczestniczył w rozgrywkach pucharowych o tytuł mistrza Niemiec. Jako „Ostmarkmeister” sezonu 1938/39 Admira mógł uczestniczyć w meczach finałowych mistrzostw Niemiec i dotarł do finału, gdzie przegrał z FC Schalke 04 z wynikiem 0:9 (sędzia wyrzucił z boiska 3 Austriaków). Po sezonie 1942/43 klub spadł do 1. Klasse Wien. W sezonie 1943/44 zwyciężył najpierw w grupie B, a potem w meczu playoff pokonał zwycięzcę grupy A i wrócił do Gauliga Donau-Alpenland.
Następnie po zakończeniu II wojny światowej klub występował na pierwszym poziomie austriackiej piramidy piłki nożnej, ale już bez większych sukcesów. Największym sukcesem pierwszych lat powojennych było przejście do finału Pucharu Wiednia w 1948 roku. Najlepszym wynikiem ligowym w tej epoce było trzecie miejsce za Rapidem i Austrią w sezonie 1948/49. W 1951 nastąpiło połączenie z Eisenbahnersportverein (ESV) z Wiednia i od tego czasu Admira grała w pierwszej lidze pod nazwą ESV Admira Wien, jednak w następnych latach nigdy nie udało się awansować powyżej 5.miejsca w tabeli ligowej. W sezonie 1959/60 nawet zajął ostatnie 14.miejsce i spadł na rok do Regionalliga Ost.