Istotne jest również skuteczne usuwanie zanieczyszczeń: osadów, substancji pokarmowych, śladów metali ciężkich i związków organicznych występujących w wodzie opadowej. Możliwe jest także usuwanie bakterii. Metoda ta pozwala na elastyczność, dzięki czemu może być stosowana do większości krajobrazów. Pośród zalet wymienić można również relatywnie małe koszty wymaganej konserwacji. Zbiorniki bioretencyjne przeznaczone dla silnie zanieczyszczonych wód opadowych, np. w pobliżu stacji benzynowych oraz marketów, muszą mieć dno wyłożone nieprzepuszczalną wykładziną, aby zapobiec wypływaniu zanieczyszczonej wody do kanalizacji deszczowej, wód podziemnych lub cieków i zbiorników wodnych przyjmujących nadmiar wód opadowych. Wykładzinę taką powinno się stosować także na terenach krasowych. Metody bioretencyjne nie nadają się do stosowania dla dużych obszarów, na przykład w systemach regionalnej kontroli wody deszczowej, ze względu na duże koszty wymaganych gruntów. Ich zastosowanie w przypadku parkingów nie posiadających naturalnych terenów peryferyjnych może zmniejszyć liczbę dostępnych miejsc parkingowych. Innym czynnikiem ograniczającym zastosowanie systemów bioretencyjnych są wysokie, w porównaniu do innych metod zagospodarowania wód opadowych, koszty inwestycyjne.