Wraz z trzema innymi przetrwał do czasów współczesnych, uważany jest za najważniejszy i największy w Wadi an-Natrun. Monaster przeżył szereg zbrojnych najazdów – w 408, 434 i w 444 roku. Podczas ostatniego z wymienionych najazdów pustynni, berberyjscy zbójcy zamordowali 49 żyjących w klasztorze eremitów. Ich męczeńską śmierć upamiętnia, zachowany do czasów współczesnych, kościół Czterdziestu Dziewięciu Męczenników. Rozbudowę klasztornej biblioteki mnisi zawdzięczali cesarzowi Zenonowi Izauryjczykowi, który pod koniec IV ustanowił roczną subwencję przeznaczoną na jej rozwój. Okres szczególnego rozwoju eremu przypadał na wiek VI, kiedy to klasztor był siedzibą koptyjskiego patriarchy. Po przebudowie w 866 roku klasztor zyskał wzmocnione mury, które pozwoliły na jego przetrwanie przez kolejne stulecia.
Podczas panowania kalifa Al-Adid li-Din Allah z dynastii Fatymidów aresztowano Basznounę, mnicha z tego klasztoru, i nakłaniano go do przejścia na Islam. Gdy odmówił, 19 maja 1164 został spalony żywcem. Jego szczątki są przechowywane w kościele św. Sergiusza w Kairze. Przez wyznawców Koptyjskiego Kościoła Ortodoksyjnego jest czczony jako męczennik i święty.