Prowadził politykę kontrreformacyjną zwalczając luteran i anabaptystów, ale także nadużycia kleru.
Nie zważając na zły stan finansów i zadłużenie, prowadził bardzo wystawny dwór. Był rozmiłowany w nauce i sztuce. W Innsbrucku rozbudował zamek Ambras, ukończył nagrobek cesarza Maksymiliana I Habsburga oraz urządził bibliotekę. Zebrał też imponującą kolekcję uzbrojenia oraz malarstwa.
W czasie elekcji 1587 roku był kandydatem do polskiego tronuPrzemysław Piotr Szpaczyński, Mocarstwowe dążenia Zygmunta III w latach 1587-1618, Kraków 2013, s. 53..
Małżeństwo i dzieci W 1557 r. Ferdynand poślubił w miejscowości Březnitz Filipinę Welser, córkę patrycjusza z Augsburga Franza Welsera. Fakt zawarcia małżeństwa był długo ukrywany, w tym przez kilka lat także przed ojcem Ferdynanda. Z tego morganatycznego związku pochodziło czworo dzieci: Andrzej (1558–1600), kardynał, Karol (1560–1618), margrabia Burgau, Filip (1562–1563), Maria (1562–1563).
W 1580 r. Filipina zmarła. W 1582 r. Ferdynand poślubił w Innsbrucku Annę Katarzynę Gonzagę, córkę księcia Mantui Wilhelma I Gonzagi. Ze związku tego pochodziły dwie córki: Maria (1584–1659), Anna (1585–1618), żona cesarza Macieja Habsburga.
Anna Katarzyna przeżyła Ferdynanda, zmarła w 1621 r.