Wspólnie z Miller Taube opublikował leksykon encyklopedyczny na temat ikonografii starożytnego Meksyku i świata Majów The Gods and Symbols of Ancient Mexico and the Maya.

Jako naukowiec Taube uczestniczył w wielu zespołach badawczych pracujących nad archeologią, lingwistyką i etnografią na terenie wyżyny Chiapas, półwyspu Jukatan, środkowego Meksyku, Hondurasu oraz Gwatemali. Od 2003 był także głównym ikonografikiem projektu badającego stanowisko archeologiczne San Bartolo, kierowanego przez Williama Saturno i Monikę Urquizu. W ramach tego zadania zajmował się interpretacją fresków z tzw. struktury Pinturas Sub-1, datowanych na I wiek p.n.e. W 2004 Taube kierował także badaniami nad dokumentacją wcześniej nieznanych źródeł jadeitu odmiany Olmec blue we wschodniej Gwatemali. Prowadził także prace archeologiczne na stanowiskach prekolumbijskich w Ekwadorze i Peru.

W latach 80. XX wieku Taube badał m.in. historię rozwoju rolnictwa i jego symbolikę wśród ludów Mezoameryki;