Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Vargas w latach 1989–1991 trenował Pumas ENEP – rezerwy swojego macierzystego Pumas UNAM. W latach 1992–1993 pracował w sztabie skautów Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej, zaś w latach 1994–1995 pełnił funkcję szkoleniowca drugoligowego klubu CD Irapuato. W latach 1995–1996 był asystentem Luisa Fernando Teny – byłego kolegi klubowego z Atlante – w zespole Cruz Azul, po czym ponownie na krótko objął Irapuato. W latach 1997–2001 pracował jako asystent Manuela Lapuente najpierw w reprezentacji Meksyku, a następnie w Atlante FC. Podczas pobytu w kadrze narodowej sprawował również funkcję koordynatora drużyn juniorskich. W lutym 1999 wygrał z rezerwową reprezentacją towarzyski turniej Carlsberg Cup w Hongkongu, a w maju 2000 był selekcjonerem reprezentacji Meksyku U-23 podczas północnoamerykańskich kwalifikacji do Igrzysk Olimpijskich w Sydney. Turniej eliminacyjny zakończył się kompromitacją Meksykanów, którzy (mając w składzie między innymi Rafaela Márqueza, Gerardo Torrado, Juana Pablo Rodrígueza czy Luisa Ernesto Péreza) zajęli dopiero trzecie miejsce i nie awansowali na olimpiadę.