Kościół w Łodygowicach był wtedy świątynią dla ludności wyznania kalwińskiego.
W pierwszych latach XVII wieku Żywiec zamieszkiwała ludność zarówno luterańska, jak i kalwińska, głównie pochodzenia niemieckiego.
Kontrreformacja Po przejęciu władzy przez syna Krzysztofa, Mikołaja Komorowskiego po 1598 r., nastąpiła akcja rekatolizacyjna, przerwana później przez konflikt starosty z proboszczami z Żywca.
Od 1607 r. ewangelickie nabożeństwa odbywały się przy kamieniu ołtarzowym „Do Wiary” w OstremLuteranie.pl – Na Żywiecczyźnie odnaleziono kamień ołtarzowy z okresu kontrreformacji., na którym wyryto krzyż, kielich oraz werset: Jam Jest Pan, Bóg Twój. Nie będziesz miał innych bogów obok mnieLuteranie.pl – Odnaleziono dawne miejsce ewangelickich nabożeństw w lasach Żywiecczyzny..
Podczas wizyty kanonicznej w 1617 r. odnotowano, że ludność protestancka zamieszkiwała w zwartych skupiskach wsie Mikuszowice, Wilkowice i Bystra. Kościoły dotychczas użytkowane przez ewangelików powróciły w ręce katolików. Pomimo tego, w kościele w Mikuszowicach odbywały się również nabożeństwa luterańskie.