Fabuła Rok 49 p.n.e., oaza w Siwie. Bayek i jego syn Khemu zostają porwani przez grupę mężczyzn w maskach i zaprowadzeni do podziemnej krypty w świątyni Amona. Porywacze wręczają Bayekowi uśpiony Fragment Edenu i nakazują mu przy jego użyciu otworzyć ukrytą kryptę. Khemu, chcący pomóc ojcu, zostaje przez niego przypadkowo zabity w wynikłej szarpaninie. Rok później Bayek tropi zamaskowanych mężczyzn, żeby dokonać na nich zemsty. Po odnalezieniu i zabiciu dwóch udaje się do Aleksandrii na spotkanie z Ayą, która informuje go, że pozostał już tylko jeden cel. Bayekowi udaje się ustalić, że jest nim królewski skryba Eudoros, ten jednak przed śmiercią sugeruje, że ludzi w maskach jest więcejIbid., zadania: „Aya”, „Koniec Węża”.. Aya proponuje spotkanie się z jej przyjacielem Apollodorosem, który przedstawia Bayeka Kleopatrze. Ta przekazuje mu, że zamaskowani ludzie to członkowie Zakonu Starożytnych, którzy odpowiadają za jej detronizację, a ich celem jest władza nad Egiptem, do której wykorzystują marionetkowe rządy PtolemeuszaIbid., zadanie: „Medżaj Egiptu”..