Początkowo nie mógł się odnaleźć w nowej pracy, rozważał odejście z NASA i powrót na rodzinną farmę, jednak rodzice przekonali go, żeby został w Houston.
Gemini John Aaron został przeszkolony do pracy jako kontroler na stanowisku EECOM, odpowiedzialnym za monitorowanie systemów elektrycznych, środowiskowych i komunikacyjnych (ang. Electrical, Environmental and COMmunications systems). W tym czasie pracował między innymi w zamiejscowej stacji śledzenia na Hawajach. Po powrocie z Hawajów pracował na Przylądku podczas misji Gemini 2, której start odbył się 19 stycznia 1965 roku. Pracował podczas każdej misji załogowej od Gemini 3, najpierw na Florydzie a po przeniesieniu MCC w Houston. Już podczas Programu Gemini wyspecjalizował się w pracy w zespołach kontrolujących starty.
Apollo 12 Start misji Apollo 12 odbył się 14 listopada 1969 a John Aaron pracował w Zespole Złotym kierownika lotu Gerry’ego Gryffina. Start odbywał się podczas burzy i wyładowania elektryczne spowodowały wyłączenie m.in. ogniw paliwowych a do centrum kontroli misji zaczęły docierać niezrozumiałe dane telemetryczne. Kierownik lotu był już niemal pewny, że będzie musiał przerwać misję. Jednak John Aaron widział już takie odczyty podczas symulacji rok wcześniej i mógł podać odpowiednią komendę: "SCE na AUX" (ang. SCE to AUX).