Po porażce w pierwszej kolejce spotkań z Sołą Oświęcim, nastąpiła zmiana trenera. Dotychczasowego szkoleniowca Motoru Tomasza Złomańczuka, zastąpił Jacek Magnuszewski. Pod koniec sierpnia do zespołu dołączył Damian Szpak (poprz. Orlęta Radzyń Podlaski). 23 sierpnia Motor rozegrał sparingowy mecz z Lublinianką na Wieniawie, zwyciężając 1:0 po bramce Piotra Piekarskiego.
W grudniu 2016 nowym prezesem Motoru został Leszek Bartnicki, który zastąpił na tym stanowisku Waldemara Leszcza. W styczniu 2017 trenerem zespołu został Marcin Sasal. W przerwie zimowej odeszli Łukasz Zaniewski, Yasuhiro Katō, Damian Szpak, Piotr Piekarski, Rafał Król, Damian Falisiewicz, Iwan Dykij i Krzysztof Żukowski. Przybyli zaś Kamil Majkowski (poprz. Błękitni Raciąż), Patryk Słotwiński (poprz. Wisła Puławy), Radosław Kursa (poprz. MKS Kluczbork), Kamil Cholerzyński (poprz. Rozwój Katowice) i Slaven Juriša (wypożyczenie z Górnika Łęczna).